2001年 黄金メダカ作出。
広島の「めだかの館」大場幸雄 氏により、原種体色（茶、青、白、黄）以外の体色の固定化に成功。
ここから改良メダカの歴史が始まる。
2004年 朱赤体色のメダカを固定化、楊貴妃と名付けられ、改良メダカブームの火付け役となった。
2007年 透明鱗が遺伝。また、体外光も発見され幹之と名付けられ、キラキラの品種がたくさん誕生するきっかけとなり、さらに改良メダカが注目されるようになった。
2016年 白容器でも真っ黒なオロチ誕生。
2017年 あけぼの、雲州三色など、錦鯉のミニチュアのような非透明鱗三色メダカがネットオークションなどで大注目された。
2019年 この年くらいから、空前の改良メダカブームとなり、各地にメダカ専門店が続々と開業、イベントもあちらこちらで開かれ、大盛況となる。
ヒカリ体型やヒレ長といった横見に適した品種が注目されるようになり、また、上見でも体外光やオーロラ系のラメが乗った様々な色合いの品種が作出されて大人気となった。
2021年 リアルロングフィンやモルフォといった、新しいヒレの表現が登場。
2022年 キッシングワイドフィン、亜種など、ヒレの表現がさらに進化を遂げる。
2023年 ブルーアイの人気に火が付き、様々な品種に取り入れられた。